上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等に係る地方税の税率が 3% というのがどこで決まっているのかと思ったら、地方税法の附則にあった。
（株式等に係る譲渡所得等に係る道府県民税及び市町村民税の課税の特例）
第三十五条の二 道府県は、当分の間、道府県民税の所得割の納税義務者が前年中に租税特別措置法第三十七条の十第一項に規定する株式等に係る譲渡所得等を有する場合には、当該株式等に係る譲渡所得等については、第三十二条第一項及び第二項並びに第三十五条の規定にかかわらず、他の所得と区分し、前年中の当該株式等に係る譲渡所得等の金額として政令で定めるところにより計算した金額（当該道府県民税の所得割の納税義務者が特定株式等譲渡所得金額に係る所得を有する場合には、当該特定株式等譲渡所得金額に係る所得の金額（第三十二条第十五項の規定により同条第十四項の規定の適用を受けないものを除く。）を除外して算定するものとする。以下この項及び附則第三十五条の二の三第一項において「株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対し、株式等に係る課税譲渡所得等の金額（略）の百分の二に相当する金額に相当する道府県民税の所得割を課する。この場合において、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、道府県民税に関する規定の適用については、当該損失の金額は生じなかつたものとみなす。
６ 市町村は、当分の間、市町村民税の所得割の納税義務者が前年中に租税特別措置法第三十七条の十第一項に規定する株式等に係る譲渡所得等を有する場合には、当該株式等に係る譲渡所得等については、第三百十三条第一項及び第二項並びに第三百十四条の三の規定にかかわらず、他の所得と区分し、前年中の当該株式等に係る譲渡所得等の金額として政令で定めるところにより計算した金額（略）に対し、株式等に係る課税譲渡所得等の金額（略）の百分の三に相当する金額に相当する市町村民税の所得割を課する。この場合において、株式等に係る譲渡所得等の金額の計算上生じた損失の金額があるときは、市町村民税に関する規定の適用については、当該損失の金額は生じなかつたものとみなす。
（上場株式等を譲渡した場合の株式等に係る譲渡所得等に係る道府県民税及び市町村民税の課税の特例）
第三十五条の二の三 平成十六年度から平成二十一年度までの各年度分の個人の道府県民税に限り、所得割の納税義務者が前年中に租税特別措置法第三十七条の十一第一項に規定する上場株式等（略）の譲渡のうち同法第三十七条の十一第一項各号に掲げる上場株式等の譲渡をした場合には、当該上場株式等のこれらの譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（同法第三十二条第二項の規定に該当する譲渡所得を除く。）については、附則第三十五条の二第一項前段の規定により株式等に係る譲渡所得等の金額のうち当該上場株式等のこれらの譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（以下この項において「上場株式等に係る譲渡所得等の金額」という。）に対して課する道府県民税の所得割の額は、同条第一項前段の規定にかかわらず、上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額（略）の百分の一・二に相当する額とする。
４ 平成十六年度から平成二十一年度までの各年度分の個人の市町村民税に限り、所得割の納税義務者が前年中に上場株式等の譲渡のうち租税特別措置法第三十七条の十一第一項各号に掲げる上場株式等の譲渡をした場合には、当該上場株式等のこれらの譲渡による事業所得、譲渡所得及び雑所得（略）については、附則第三十五条の二第六項前段の規定により株式等に係る譲渡所得等の金額のうち当該上場株式等のこれらの譲渡に係る事業所得の金額、譲渡所得の金額及び雑所得の金額として政令で定めるところにより計算した金額（略）に対して課する市町村民税の所得割の額は、同条第六項前段の規定にかかわらず、上場株式等に係る課税譲渡所得等の金額（略）の百分の一・八に相当する額とする。
つまり道府県民税 1.2% 市町村民税 1.8% ということだ。
