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給与や役員報酬を支払っている事業所は、１月末までに給与支払報告書を市区町村に提出する義務があります。

税務署にも１月末までに法定調書を提出する義務がありますが、支払先や支払額によっては提出する必要のないものもあります。

一般的には「給与所得の源泉徴収票等の法定調書合計表」に記載のある源泉徴収票、支払調書を提出します。

代表的な法定調書の提出範囲
・年末調整をした年間の給与支払額が500万円を超える従業員の源泉徴収票
・年末調整をした年間の給与支払額が150万円を超える役員の源泉徴収票
・法人役員に支払った退職金等の退職所得の源泉徴収票
・税理士、司法書士等に支払った報酬の支払調書
・不動産の賃料として支払った使用料の支払調書
・不動産を取得した法人が支払った譲受けの対価の支払調書
・不動産の売買又は貸付けの手数料を支払った法人のあっせん手数料の支払調書

詳しくは、​給与所得の源泉徴収票等の法定調書の作成と提出の手引​で確認してください。


さて、今回失敗したのは、源泉徴収票を二重に税務署へ提出してしまったケースです。

・源泉徴収票　→　税務署へ提出
・支払調書　→　税務署へ提出
・給与支払報告書　→　市役所へ提出

これをe-TaxソフトとeLTAX PCDesk(DL版）でやりました。




翌日、税務署から「同一の源泉徴収票が２つ届いていて、このままだと所得が倍になります」と電話がありました。

「e-Taxで源泉徴収票を提出した後に、eLTAXからも提出すると二重になりますが、eLTAXが先でe-Taxがあとだと問題ない」と言われました。

「後から提出された源泉徴収票を無効にしてもよろしいですか？」との事でしたので、二つ返事で無効にしてもらいました。


平成２９年から電子的提出が一元化されていて、eLTAXから市役所への給与支払報告書と税務署への源泉徴収票が一度に送れるようになっています。ただし、eLTAXからは税務署へ支払調書を提出できません。

・eLTAX →　〇給与支払報告書
　　　　 →　〇源泉徴収票
　　　　 →　×支払調書

・e-Tax　→　〇源泉徴収票
　　　　  →　〇支払調書

給与支払報告書と源泉徴収票のみを提出する事業者は、eLTAXだけで完結するので便利ですが、支払調書がある場合は、別にe-Taxから提出しないといけません。

e-TaxとeLTAXのどちらからも源泉徴収票が税務署へ提出できるため、二重に提出してしまう可能性があります。

​​支払調書がある場合で源泉徴収票の二重提出を回避する方法​​

１．eLTAXをe-Taxと連携させない
　　eLTAXにe-Taxの利用者情報を登録すると、e-Taxと連携して源泉徴収票を税務署に送れるようになります。これを回避するために、eLTAXからe-Taxの利用者情報を削除します。




２．eLTAXの給与支払報告書の作成区分を「地方税」にする
　　eLTAX PCDesk(DL版）で新規に給与支払報告書を作成する場合、作成区分は「地方税・国税」となっています。このままだと、e-Taxの利用者情報の登録がないためエラーとなりますが、これを「地方税」に変更すれば大丈夫です。e-Taxと連携したままで、作成区分を「地方税」にするだけでもＯＫです。